細胞、組織、小鼠遺傳背景鑒定系列

對于支原體檢測,中國藥典推薦培養(yǎng)法,歐洲藥典推薦培養(yǎng)法和定量PCR方法。目前市面上常見試劑盒檢測原理包括化學(xué)發(fā)光法、普通PCR結(jié)合凝膠電泳、熒光定量PCR方法三種,前兩種方法靈敏度不夠,易出現(xiàn)假陰性結(jié)果;熒光定量PCR試劑盒多數(shù)是進口品牌,價格昂貴。在此,我們?yōu)槟峁┬詢r比更高地新選擇——雙色熒光TaqMan探針定量PCR定制化檢測方案。

實驗小鼠品系鑒定普遍采用單核苷酸多態(tài)性(SNP)遺傳位標,國際著名的小鼠供應(yīng)商 Jackson Lab和Charles River分別選擇了29個和32個SNP來進行實驗小鼠品系的鑒定。為了更加高效準確地鑒別,我們從小鼠SNP數(shù)據(jù)庫篩選出相對均勻分布在20條染色體上的130個SNP位點,借助多重PCR擴增建庫和高通量測序技術(shù)獲得SNP信息,再將這130個SNP分型信息比對小鼠SNP數(shù)據(jù)庫,來精準鑒定小鼠的品系。對比所有近交系小鼠的SNP數(shù)據(jù)庫,該130個SNP分型信息可以準確鑒別所有近交系小鼠。

人源腫瘤異種移植模型(Patient-Derived tumor Xenograft, PDX) 是將病人的腫瘤組織直接移植到免疫缺陷鼠而建立的人源異種移植模型,是癌癥機制研究和藥物測試的有用工具,但隨著傳代次數(shù)增加,腫瘤組織保真度會逐步下降。轉(zhuǎn)錄組測序作為常規(guī)檢測手段,周期長,成本高。為了更好、更快地評估小鼠細胞浸潤狀態(tài),我們?yōu)槟峁┮环N基于qPCR的高靈敏鑒定方案,2-3個工作日即可出具報告,提供定量檢測結(jié)果,檢測靈敏度可達到1%,可準確指示組織中的小鼠細胞浸潤比例。

因每種動物都具有各自特異的線粒體COI基因序列,因此利用COI基因序列進行動物種屬的鑒定成為一種標準的技術(shù)方案。我們采用PCR擴增和一代測序技術(shù)獲得線粒體COI基因區(qū)DNA序列信息,并與數(shù)據(jù)庫比對進行數(shù)據(jù)挖掘,通過遺傳進化樹分析來鑒定動物DNA樣本的種屬來源。

對于細胞間細微的污染甚至種間細胞的污染(人源、小鼠、大鼠、倉鼠等),我們可以為您提供進一步的鑒定方案——基于多重qPCR技術(shù)的高靈敏、多種系檢測方案。相較于STR鑒定方法(一般只能檢測占比15%以上的人源和小鼠細胞污染),該方案靈敏度和特異性更高,可以穩(wěn)定檢測出細胞中不同種屬來源、低至5%的微量細胞污染。此外,我們目前可以檢測多達10種不同種屬的細胞污染。

利用熒光PCR擴增小鼠基因組中9個STR基因座位,PCR產(chǎn)物在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測進行基因分型。根據(jù)所得的STR分型結(jié)果與細胞STR數(shù)據(jù)庫(EXPASY)比對,從而鑒定樣品所屬的小鼠細胞系。技術(shù)服務(wù)團隊開展此項業(yè)務(wù)近10年,實驗團隊與數(shù)據(jù)分析團隊均具備豐富的經(jīng)驗,已為上千家各類科研與工業(yè)客戶出具數(shù)萬份中、英文報告,獲得了普遍好評。

細胞系的交叉污染影響到了科學(xué)研究的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。所謂細胞系鑒定即通過STR(Short TandemRepeat,短串聯(lián)重復(fù)序列)圖譜所建立細胞系的遺傳特征。一株細胞系的遺傳特征確立后,細胞系可以通過定期的檢測,以防止出現(xiàn)細胞系被誤認或交叉污染的情況。由于STR技術(shù)的高靈敏度(最低可檢出0.1ng DNA)、自動化程度高、準確快速、重復(fù)性好等優(yōu)點, STR基因分型已被ICLAC、ATCC等權(quán)威機構(gòu)作為金標準應(yīng)用于細胞的“身份”鑒定。